PubChem ist eine freie Datenbank chemischer Verbindungen, die vom nationalen Zentrum für Biotechnologische Information (NCBI) des amerikanischen Gesundheitsministeriums unterhalten wird. In PubChem sind umfangreiche Daten aus Bioaktivitätstests von chemischen Verbindungen für diverse Targets enthalten. Damit stellt PubChem eine ideale Basis zur Erweiterung des internen Wissensbestandes dar.

Die PubChem Modul erweitert ViSoR um die Möglichkeit, die in PubChem gespeicherten Informationen automatisch zu importieren und in ViSoR nutzbar zu machen. Dazu muss der Anwender nur die Assay Identifikationsnummer (AID) des gewünschten Experiments eingeben, alles andere erfolgt automatisch. Neben den reinen Screeningergebnissen sorgt das PubChem Modul zudem für die Registrierung der chemischen Informationen in der Compound-Datenbank. So lässt sich ein PubChem Experiment zum Beispiel als Ausgangspunkt für die Verifizierung einer Docking-Methode einsetzen und liefert erste Hinweise über das chemische Grundgerüst biologisch aktiver Verbindungen.

PubChem Ergebnisse werden analog zu eigenen Screeningergebnissen gehandhabt. Es stehen dieselben Möglichkeiten zur Ansicht, zum sortieren und Filtern sowie für den Export zur Verfügung.