TrixX Modul
TrixX stellt eine Innovation auf dem Gebiet des strukturbasierten virtuellen Screenings dar. Durch eine neuartige Indizierungstechnik ermöglicht TrixX das Durchsuchen großer Compoud-Bibliotheken in sublinearer Laufzeit. Docking kann "on-the-fly" ausgeführt werden, ohne dass viele Tage auf das Resultat gewartet werden muss. Damit lässt sich virtuelles Screening wesentlich besser in den wissenschaftlichen Alltag integrieren als mit herkömmlichen Methoden. TrixX wurde am Zentrum für Bioinformatik (ZBH) der Universität Hamburg entwickelt.
Mit dem TrixX Modul ermöglicht ViSoR auch technisch weniger versierten Wissenschaftlern die einfache Anwendung dieses modernen Verfahrens. TrixX lässt sich komplett über die ViSoR Benutzeroberfläche steuern. Aus den in VisoR verwalteten Molekülstrukturen werden qualitativ hochwertige TrixX Indizes berechnet, die für das virtuelle Screening ausgewählt werden können.
Screeningläufe werden in ViSoR angestoßen und parallel ausgeführt. Die Ergebnisse stehen automatisch in ViSoR zur Verfügung, wo sie für weitere Auswertungen verwendet werden können. Die berechneten Docking-Posen lassen sich über den eingebauten 3D-Betrachter visuell inspizieren oder für eine externe Auswertung im MOL2 Format exportieren.
Damit eignet sich das ViSoR TrixX Modul sowohl für erfahrene Spezialisten auf dem Gebiet der struturbasierten Wirkstoffforschung, die alle notwendigen Parameter steuern und aufwändige Untersuchungen durchführen können, wie auch für solche Wissenschaftler, die ihre nass-chemischen Experimente mit virtuellen Methoden verifizieren und auf einfache Weise zusätzliche Daten erzeugen möchten.